回顾一下复仇者联盟历史中不得不提的最悲壮的故事——复仇者内战。以前的超级英雄不是没玩过内部分裂和互相排挤，但那都是赌气般的打闹，这次内战仿佛把所有超级英雄都逼到了绝路一般，一个并不复杂的故事却震撼无比，让我们来回首一下电影之外，钢铁侠与美国队长的恩怨情仇。
惊奇漫画的世界正在改变，一场悲剧促使国会提出了对超级英雄进行注册的法案，所有藏在制服下的英雄都要向政府揭开他们的面具。这个国家的超级勇士们发生了分裂，每个人都必须做出一个将永远影响他们生活的决定。
新战团的四位成员试图逮捕藏身在康涅狄格州的四个超能力罪犯。在战斗中，“硝化人”使用了自爆能力，将在场的英雄们和斯坦福德大片地区化为废墟，死伤数百人。这起超能力者引发的重大伤亡事件被电视台转播后引起了巨大的反响，托尼·斯塔克出席了伤亡者的葬礼，被一名在这次事故中失去孩子的母亲痛骂是个肮脏的人渣，是托尼·斯塔克用自己的臭钱资助了复仇者联盟这个社会毒瘤，你手上沾满了我儿子的鲜血！彼得·帕克则刚好拍下了这一幕，暗暗地注视着这场超级英雄内战的开始。
事态进一步恶化，由于斯坦福德事件和一系列超级英雄袭击事件，政府终于决定推出超级英雄注册法案（超级英雄注册法案是一项强制执行的法案，要求所有的超级英雄必须接受政府注册成为国家公务员，受政府和法律控制，为政府效力）。当超级英雄们都不知该同意签署条约还是不同意时，钢铁侠托尼·斯塔克第一个站出来说：“超级英雄注册法案是让我们合法化，而不是毫无法律束缚，要让我们对公众负责，斯坦福德事件让我们从宿醉中清醒过来，如果能让民众们睡得更安稳，做政府的公职雇员有什么不妥？”。有些人同意，有些人反对，斯坦福德事件只是“压垮骆驼的最后一根稻草”而已。
然而美国队长史蒂夫·罗杰斯却坚决不同意超级英雄注册法案：“我认为这项法案会让我们分裂，甚至自相残杀！超级英雄不该受政府的束缚，否则政客们就能随便给人戴上超级罪犯的帽子！”。神盾局主管希尔则同意超级英雄注册法案，是为了避免政府与超级英雄的矛盾进一步激化，带来不必要的伤亡。美国队长逃出神盾后，转入地下活动，站在了人民的对立面。而另一边在总统和内阁的秘密会议上，钢铁侠强烈支持法案，并开口说亲自将美国队捉拿归案。
法案通过后，所有具有超能力并拒绝注册的英雄都成了罪犯。整个复仇者因为法案分为了两派，一派是以美国队长为首的自由派，要求依旧像以前那样超级英雄不受政府管制行侠仗义。另一派则是钢铁侠为首的亲政府派，一些被钢铁侠欺骗的复仇者成员和利欲熏心的超级英雄毫不保留的支持他。钢铁侠内地里自己的小算盘打的响亮，甚至把不服的复仇者成员抓到监狱里关起来，视往日的战友之情于无物。美国队长为了保存实力不得不带领自己的党羽转入地下，等待时机决战。蜘蛛侠受到钢铁侠的蛊惑，站在了钢铁侠这一边，不但签署了法案，还在民众和媒体面前摘下面具。在这里插播一下蜘蛛侠公开身份之后的命运，公开身份后的彼得·帕克被自己的敌人知道后，害怕自己的死敌前来报复，天天过着东躲西藏的日子，不久之后，自己的婶婶也不幸去世，自己和玛丽·简的孩子也不幸流产。
一场残酷的战斗之后，很多英雄们都遍体鳞伤，开始怀疑自己的立场。美国队长的一些盟友投向了钢铁侠一方，同时蜘蛛侠也为自己对钢铁侠的的忠诚产生了怀疑，隐形女和霹雳火也退出了神奇四侠，离开了钢铁侠，去寻找队长的地下组织。
蜘蛛侠离开钢铁侠后，遭到了重组后的复仇者成员—“南瓜头杰克”和“小丑”的追杀，蜘蛛侠被打的遍体鳞伤，就在他们快要杀掉蜘蛛侠时，惩罚者抢来救下了奄奄一息的蜘蛛侠，并把身负重伤的他送到了美国队长的避难所。
双方势力明争暗斗之后终于展开决战，最后两股势力在曼哈顿区展开决战。双方各自施展了浑身解数，拼的是你死我活。最后钢铁侠与美国队长单挑，就在美国队长制服钢铁侠正要杀死他时，一群美国平民拦住了他，队长此刻明白超级英雄内战只会伤害美国人民，通过自己的妥协换来和平，于是他宣布了投降，超级英雄内战终于结束了。
投降的美国队长被送到法庭进行公开审判时，宿敌红骷髅操纵了史蒂夫的女友佩吉·卡特，在人群中暗地枪杀了美国队长，从此英雄主义宣布死亡。美国队长的死在某种程度上代表着美国自由与希望的消逝。
最后在史塔克的办公室里，开始那个因斯坦福德事件而失去孩子的母亲对史塔克说：“你是一个好人，托尼·史塔克，为了我们的今天，你孤注一掷，我相信你已经把值得信赖的英雄还给了人民。”。史塔克诡异的一笑：“最好的还在后面，亲爱的。”。难道那个死了孩子的女市民是史塔克故意安排的吗？最后她和史塔克在一起，史塔克到底说的是什么意思，难道都是他策划的？如果真是史塔克故意安排的这场内战的话，那史塔克就是一位不折不扣的阴谋家了。