Mutant变异一字字义上就已经有着”不断改变”的意思；同样地，由变种人所组成的X-Men，在过去的日子中都经历过很多不同形式上的改变。
X-Men由1963年创作至今已有50多年的历史。本文就尝试由较容易理解的方式简略地把这50多年分成7个时期来简单讲述一下。
| CHAPTER ONE : 启蒙时期(1963-1975) |
在X教授的召集下，第一代X-Men诞生。五位少年一方面要面对同为变种人的对手，同时开始认识校园外的世界。 |
The Original X-Men
能读取思想、甚至能改变人思想的变种人X教授Charles Xavier，眼见因基因突变而拥有神奇力量的人数与日俱增，而在缺乏适当的指导跟带领下，这些变种人有些因为身体的突变而饱受痛苦，有些更成为罪犯，对社会做成威胁。他决定开设一间学校，教导这些变种人控制自己的力量，令他们可以跟害怕他们、憎恨他们的普通人共存。在X教授带领下，第一批受训的X-Men包括：
- 镭射眼Cyclops，原名Scott，可以由眼发出光线
- 野兽Beast，Henry，拥有奥林匹克级数身手跟天才头脑
- 冰雪人Iceman，Bobby，能在大气中以冻气制造任何物件
- 天使Angel，能在天空上飞，出身富裕家庭的贵公子Warren
- 传心女侠Marvel Girl，跟X教授拥有同样读心能力的Jean
他们一方面四处阻止其他邪恶的变种人所做的破坏，另一方面亦同时在训练中续渐地成长，由一群普通的少年成长成一群勇于面对问题的青年人。他们主要的敌人是X教授过去的好友Erik，能操纵磁力的万磁王Magneto，以及他所组织的邪恶变种人兄弟帮Brotherhood of Evil Mutants。兄弟帮的成员包括：
- Toad，拥有跟青蛙相似的能力
- Mastermind，能以幻像影响他人
- Quicksilver，原名Pietro，能以高速移动
- Scarlet Witch，原名Wanda，透过魔法攻击
Brotherhood of Evil Mutants
万磁王Magneto同样努力地想扩展兄弟帮，因而跟X-Men不断争夺；一次争套中无意误认宇宙生命体Stranger为变种人，来地球寻找人类作实验对象的Stranger因而把Magneto和Toad带走，兄弟帮解散。厌倦Magneto极端种族主义的Quicksilver和Scarlet Witch决定重回正途，兄妹加入另一队超级英雄队伍Avengers。X-Men的对手还有：
- 不能触碰的Unus
- 以脂肪吸收攻击的Blob
- 能模仿其他变种人能力的Mimic
- 偏激种族主义者Trask发明的搜敌龙机械人Sentinel
- 空间转移的Vanisher
- 改变外貌的Changeling
- 以及X教授后父的儿子重战车Juggernaut
之后Magneto逃回地球，跟Unus、Blob等组成新的兄弟帮。
X-Men早期的活动都是极为秘密，而为保持总部地址的秘密，X教授甚至会改动侵略者的记忆；但随着X-Men跟其他英雄组织的接触，X-Men的存在开始为人所知。为预防外星人的侵袭，X教授便假装死亡，退在幕后静待时机。
不知情的X-Men以为自己失去老师，开始去学习去面对学校以外的世界；在这段时间Cyclops跟失散了的弟弟Alex重逢，更发现Alex也是变种人，之后还有自认为Magneto女儿的Lorna。年轻的X-Men在缺乏老师的指导下开始找到自已的路向；最后X教授现身，跟X-Men一同把意图侵略地球的外星生物Z’Nox驱逐。
- Havok，Cyclops的弟弟Alex，能由手中射出等离子光线
- Polaris，也即是Lorna，拥有跟Magneto相近的磁力控制
在蜘蛛侠、神奇四侠和Hulk等成功后，Stan Lee开始思想新的系列。以种族冲突为主题，他向出版人Martin Goodman建议”The Mutants”一书。Martin认为”Mutants”一字未能令读者意识到主题，着Stan重新为他为命；在1963年的9月，The X-Men的第一期出版了。
X-Men出版后反应未如理想，在1969年编剧Roy Thomas和画师Neal Adams意图利用新人物Havok和Polaris的加入去给予新刺激，但这对已疲弱的X-Men未能造成帮助；在1970年的第67期开始，X-Men一书只是重印之前的故事，就这样一直生存至75年4月的第93期。
| CHAPTER TWO : 认知期(1975-1985) |
随着新一批成员的出现，X-Men涉足的已不单单限于美国境内；在不同的国家、星球、甚至时空都找到他们的足迹。 |
All New, All Different X-Men
几个月后，X教授派遣X-Men去一个荒岛调查；到达后他们发现这个岛本身是一只异变的外星生物Karoka。在大部份队员都被困的情况下，X教授跟Cyclops便走到世界各地联络有志的变种人帮忙；新队伍成功救出X-Men后，旧成员都开始追寻他们各自的理想，只有Cyclops跟Marvel Girl决定留下帮助X教授教导这一班新的X-Men；新一批的X-Men开始了他们的冒险。他们包括：
- 狼人Wolverine，拥有再生能力、金刚石骨骼以及利爪的加拿大人Logan
- 暴风女神Storm，能够操纵天气的非洲女性Ororo
- 铁巨人Colossus，能将自己的身体化为精钢的俄罗斯青年Peter
- Sunfire，能操纵火焰的日本人Shiro
- 黑丑Nightcrawler，外表吓人但心地善良的空间转移者Kurt
- Banshee，能操纵声波的前爱尔兰特工Sean，以及
- Thunderbird，出身自印地安家庭弧高的战士John
人们对变种人的态度由不理解逐渐演变成恐惧，由恐惧变化为憎恨。在这样的压力下，X-Men一方面要面对变种人的对手，同时间亦要在讨厌他们的人群中求存；不幸地Thunderbird在首次行动中已捐躯。而恐怖的搜敌龙机械人再一次被人启动，更将X-Men捉到外太空的基地。在缺乏资源的情况下，Jean用尽她的精神力量保护X-Men回到地球。她的行为吸引了宇宙的凤凰力量，凤凰将受创的Jean放置在一个茧当中，而自己则化身成Jean的模样。外表是Jean的凤凰换上新的行动代号火凤凰Phoenix。
Phoenix Saga
回到地球后，冲击加上Jean的灵魂令凤凰真的以为自己便是Jean，不知情的X-Men亦以为Phoenix便是Jean。X-Men继续扩充他们的规模，当X教授一行人接触能穿越固体物质的少女Kitty时，他们遇上以富豪组成的组织Hellfire Club。主宰Hellfire Club的内部组织Inner Circle以西洋象棋的名字为代表，成员包括：
- Sebastian Shaw，能把攻击转化成自已力量的Black King 和他的私人秘书Tessa
- Emma Frost，拥有读心能力和以教育变种人为已任的White Queen
- Donald Pierce，憎恨变种人的半机械人是White Bishop
- Harry Leland，增加身体质量而强化身体的Black Bishop
前兄弟帮的成员Mastermind正是Hellfire Club的新会员，为讨好Inner Circle他利用自已的力量去迷惑Phoenix。当Phoenix发现自己被利用时，它的怒火令它更化身成暗凤凰Dark Phoenix。拥有强大精神的力量的它超越了X教授，更一瞬间将整个星系毁灭。统领宇宙的王者之一，Shiar星的女王Lilandra莉莉娜来到地球要审判火凤凰。明白到自己暴走时所干下的罪孽，Jean灵魂的引导Phoenix伏法，牺牲自己去解决事件。伤心的Cyclops便离开了X-Men展开新的生活。Kitty正式加入X-Men，以Ariel为行动代号，后来改为Sprite。同时间出现的还有能操纵声光效果的女变种人歌手Dazzler。
- Ariel/Sprite/Shadowcat，能穿梭固体物质的少女Kitty
- Dazzler，籍控制声光效果为自己娱乐事业增添魅力的女歌手Alison
Days of Future Past
Sprite刚加入X-Men便要面对一件时空穿梭的事件：Sprite未来的精神的来到现代，附身在年轻自已身上的她指出即将会发生一件引致变种人被种族清洗的事件。在这位年长Sprite的指引下，X-Men成功阻止了由妖后Mystique和她所率领新兄弟帮的刺杀行动；可是X-Men不知道这样对他们的未来有没有帮助。而这被名为Days of Future Past的事件亦只是将来几个X-Men时空穿梭事件的开端。由妖后所组成的新邪恶兄弟帮成员包括有：
- Mystique，能改变自已外貌的女性
- Pyro，能操纵火焰
- Avalanche，能控制地面引致地震
- Destiny，虽然双目失明但能予知未来
加上旧兄弟帮的Blob和经过身体接触复制其他人超能力的罗刹Rogue，这就是Mystique的新兄弟帮。
Cyclops离开X-Men后，领导X-Men的重任便交到Storm手上。在Storm的领导下，X-Men开始走出世界；更时常参与外太空的冒险。X-Men在宇宙的行动引来异形外星生物Brood的注意，它们意图透过寄生把地球变成Brood的星球；X教授的身体亦被它们感染。误以为X-Men在宇宙中已死的X教授被Brood的意志影响，召集了新一批的变种人少年成立New Mutants。
Uncanny X-Men
Cyclops遇上跟Jean一模一样的女性Madelyne，两人更结成夫妇。同一时间，妖后的兄弟帮跟Avengers作战，Rogue无意中吸收了过多Avengers成员Ms Marvel的记忆令精神混乱。知道养母未能帮助自已，她走到X-Men那儿寻求帮助；在一片反对的声音下X教授接纳了Rogue成为X-Men的一份子。
一群身体畸形的变种人组成Morlocks，聚集在纽约的下水道中生活；Morlocks的首领Callisto向暴风女神提出挑战，最后暴风女神成功收服Morlocks，更教导他们别对外界的人持敌视态度。为了拯救X教授，莉莉娜女皇利用Shiar的技术将X教授的身躯复制，这不单令他不再受Brood的影响，同时间亦令他重获步行的能力。
受宇宙生命体Beyonder的装置所诱，X-Men去到Beyonder的星球进行Secret Wars。Secret Wars后众X-Men的生命都有所改变：Colossus跟Sprite分手，伤心的Sprite在日本接受训练更改变外号为Shadowcat、Cyclops未来世界的女儿Rachel来到现代、Storm在失去超能力后遇上天才机械师Forge。在之前的战斗中误伤了Sprite的Magneto思想自己行为的对错，经过Secret Wars后终于有所决定；在X教授的鼓励下，Magneto站出来接受公开的审讯，面对自己之前的过犯。审判进行时Fernis Twins攻击法庭，Magneto才知道因为复制中的问题，X教授已离死不远；而他很希望万磁王会为他带领X-Men。在危急关头莉莉娜出现，将濒死的X教授带回外太空寻求医治。
你知道吗？
1975年5月，编剧Len Wein和画师Gil Kane、Dave Cockrum开始了Giant Size X-Men一书的制作。在此书中他们介绍了新一批的X-Men，当中包括不同肤色国籍的人物。乘着Giant Size X-Men的气势，X-Men在8月重新出版，由这批新人物担当主角。以”All-New，All-Different”为号召，编剧Chris Claremont开始了他为X-Men所撰写的历史。Dave Cockrum继续他画师的工作，后来转手予John Byrne。
新组合成功地吸引到读者，个性独特的人物加上大胆的剧情如Dark Phoenix Saga、Day of Future Past等令X-Men一书在80年代成为超级英雄漫画的销量指标。而在第141期的Day of Future Past的故事后，X-Men的书名上更加上”The Uncanny”字样。
X-Men受欢迎，Marvel自然希望扩大它的族群，第一本”X-Book”便是1983年出版的New Mutants。New Mutants重回X-Men校园少年的基本，讲述年轻一辈变种人的生活；随后的是加拿大变种人队伍的主书Alpha Flight(1983)和受欢迎角色Wolverine的个人四期完短篇( 1982)故事。
| CHAPTER THREE : 成长期(1985-1991) |
当X教授离开地球后，X-Men开始另一阶段的发展。在不同理念推动下，多个变种人独立小队开始出现；经过怀疑和合作面对危机后，变种人队伍开始成为一个庞大的群体。 |
X-Factor
万磁王由X-Men的大敌人变成X-Men的带领者这改变并不是每个人都可以接受，尤其是最早期的5位X-Men即是Cyclops等人。本来已归隐的Cyclops知道藏有Jean Grey的茧被发现便赶到纽约，这令一直质疑自己是代替品的Madelyne感到不安，在Cyclops离家后更带同初生的儿子Nathan出走；惊讶于自己昏迷时间世界的转变，Jean无奈只好接受Cyclops已婚的事实。就在Cyclops希望找回妻儿时，他却收到Madelyne已经遇害的消息。看到旧同学无家可归，Angel便建议五人再一次以变种人队伍的身份出现；在Angel的好友Cameron Hodge的建议下，他们成立了以捕捉变种人为名，实则是保护变种人的X-Factor。跟千年老妖Apocalypse的相遇，也是在这时开始。
在邪恶先生Mr.Sinister的指示下，一群名为Marauders的超能罪犯小队走到Morlocks聚居的下水道展开大屠杀；虽然这次Mutant Massacre事件中X-Men跟X-Factor都有参与救援，但便是碰不上。在这战事中两队人亦付出了沉重的代价：Nightcrawler跟Shadowcat都受到重创，而Angel更因病毒影响逼于割除他的双翼；心情落至谷底的Angel在飞机失事后更不知所踪。Marauders的成员Sabretooth去到X大宅，遇上正在作客的读心术女变种人Psylocke；在狼人跟Sabretooth的战斗中Psylocke表现出她的实力，击退Sabretooth后她加入了X-Men。
- Mr.Sinister，沉迷于变种人遗传学的疯狂科学家Nathan
- Sabretooth，拥有跟狼人类似的自疗因子和更疯狂的兽性
- Psylocke，拥有读心能力，英国队长Captain Britain的妹妹
一方面要顾及X-Men，另一方面又要照顾New Mutants令万磁王感到很吃力。当New Mutants的Cypher为救队友Wolfsbane被害时，万磁王心中的罪疚感更重；重重压力下他开始疏远X教授的理念，更加入Hellfire Club寻求协助。New Mutants的成员亦对这位老师的强硬态度感到不满，决定离开X大宅。
分道扬镳
为了对付远古的恶魔Adversary，X-Men利用他们的生命作为能量去封印，女神Roma帮助他们重生。为了方便行动他们便任由外界继续以为他们已经阵亡，转移阵地到澳洲的地底躲藏。同一时间失踪了的Angel原来被千年老妖捉去，更改造成四骑士之一的Death；在Iceman的帮助下Death寻回自己的人性，击退千年老妖后他的行动代号改为Archangel，X -Factor更以千年老妖留下的飞船作为他们的基地。
在地下水道大屠杀中负伤的Nightcrawler跟Shadowcat都相继康复过来；不知道X-Men重生的他们便跟Captian Britan、Rachel以及美根Meggan组成了欧洲为基地的冒险队伍Excalibur。不久他们收到曼克顿市变成恶魔之都的消息，于是赶到美国参与救援工作。
Inferno
曼克顿变成恶魔之都原来是地下水道大屠杀的幕后黑手，Mr.Sinister与来自异空间的恶魔的合作。他们利用了New Mutants成员Magik的异变能力将空间之间的围墙打破，而统领这些恶魔的便是Madelyne。
Mr.Sinister一直相信Cyclops跟Marvel Girl的血脉会生出最强的变种人，但以他的技术便只能做出复制人，并未能令她成为活人；当Dark Phoenix死去，把由Jean处偷来的灵魂交回时，灵魂唤醒了沉睡在实验室中的Madelyne；Mr.Sinister马上安排Madelyne跟Cyclops相遇，结婚并生下儿子Nathan。Cyclops跟Jean的复合和自己的身世令Madelyne成为了邪恶的魔后Goblin Queen，更想将整个曼克顿变成火地狱Inferno。
在Inferno事件中X-Men跟X-Factor终于碰头，两队合力下Madelyne、Phoenix跟Jean的精神终于合而为一；魔界的通道被封，Mr.Sinister亦撤走。两队人马解除了对对方的误解，但他们决定继续用各自的方式在不同的地方实践X教授的理念。这段期间X-Men的新成员有
- Longshot，来自Mojo世界的救世主
其他成员还包括Wolverine、Storm、Rogue、Psylocke、Havok、Dazzler和Colossus等。之后X-Men遇上搜敌龙机械人的首领Master Mold，最后更跟Master Mold一起被卷到被称为重生之门的空间隧道。
在重生之门后X-Men分别在不同的地方得到他们的新生：Storm变回孩童，更在埃及的街头遇上一名浪人牌王Gambit；狼人出现在将变种人当成奴隶的珍路刹Genosha岛，更救出了一名中国籍的变种人少女祖比利Jubilee；Psylocke则在日本，她的精神被交换到一个女忍者的身上；Rogue流落到荒蛮之地Savage Land，在那里她遇上放弃X教授教诲，隐居在其中的Magneto。在这些经历之后X-Men再一次聚集起来，带回他们的新朋友回到美国。他们发现现在带领New Mutants的是一位身份神秘的时光旅行者机堡Cable，而X-Factor亦成为了跟政府关系密切的组织。
Xtinction Agenda
就在一个平静的下午，在X-Men的基地出现了一班来自珍路刹的特工，更将Storm跟部份New Mutants捉走；众人展开救援行动，他们发觉原来这次掳人行动是由X-Factor的前公关，真正身份为反变种人组织首领、不死身狂人Cameron Hodge策划的。大战爆发，珍路刹奴役变种人的情况更引起国际关注。虽然最后得到胜利，但New Mutants成员Warlock的死和Wolfsbane精神上亦留下了不可磨灭的伤痕。
回到基地X-Men便收到邀请前往Shiar王国，更协助X教授立息Shiar的内乱。X教授感觉到自己的旧敌人Shadow King重现，于是跟X-Men一同回到地球。籍著X教授儿子魔星Legion的能力，Shadow King将X教授好友Moira的研究基地梅亚岛变成战场。在X-Factor的帮助下，X教授在精神空间跟Shadow King展开一场精神力大战；事后X教授再次失去行走的能力，而魔星亦陷入昏迷状态。
Nathan被千年老妖的机械生体病毒染上，没选择下Cyclops只能把儿子送给来自未来世界的Askani教团。协助X教授击倒Shadow King成为契机，Cyclops等人决定回归到X-Men的大队，而X-Factor则交由Havok打理，成为另一队由政府成立的变种人部队。另一方面，Cable亦认为New Mutants在面对危机上已经有足够的成熟，所以他们离开X大宅，把New Mutants改组成一队名为X-Force的游击队。
你知道吗？
1986年Claremont撰写了一个名为Mutant Massacre的故事，描述居住地下水道变种人Morlocks遭清洗的经过；由于故事的长度编辑Louise Simonson决定把故事分担到跟X-Men相关的书刊中。这决定为Marvel带来不错的销量，这亦开始了X-Books之间每年一次的Crossover Event；之后是88年的Fall of the Mutants、89年的Inferno、90年的The X-Tinction Agenda和91年的The Muir Island Saga(91)。在这段时间Claremont一直紧守他编剧的岗位，跟他合作的画师除上述两位外，还包括Paul Smith、John Romita Jr.、Marc Silvestri，以及后起之秀Jim Lee。
这段时期出版的X-Men书刊除了主要书刊Uncanny X-Men和New Mutants外，还加入了：
- 由五位初代X-Men担当主角的X-Factor(1986)
- 重印早期X-Men故事的Classic X-Men(1986)
- 以英国为中心的变种人队伍Excalibur(1987)
- 同年，狼人Wolverine(1988)的个人独立月刊亦正式出版
- New Mutants和X-Factor亦各有衍生短篇作品Fallen Angels(1987)和X-Terminators(1988)
| CHAPTER FOUR : 复兴时期(1991-1995) |
虽然人数得到增长，但面对的危机却没有减轻。跟Magneto多年前种下的因、跟Apocalypse在未来结成的果，都在这段时间中爆发。 |
Blue & Gold
由于人数众多，X-Men便分为蓝金二队；蓝队由Cyclops、Wolverine、Gambit、Rogue等组成，而金队便由Storm带领，成员包括Jean、Archangel、Forge等人。分好小队时X-Men接到Hellfire Club遇袭的消息，金队赶到时Hellions的成员全数被害，他们只能救回昏迷的White Queen；攻击者是来自未来世界的变种人罪犯Trevor，而紧随他而来便是未来世界的变种人警察主教Bishop。不能回到未来的主教跟随X-Men回到X大宅，自小祟拜着这些英雄的他成为X-Men的一员。
Magneto离开Savage Land后搬到宇宙中的M殒石居住，一批在自已国家受压抑的变种人Acolytes飞到M殒石投靠他，提醒他有着解放同族的义务。这令Magneto再一次成为X-Men的敌人，但他不知道Acolytes之一的Fabian Cortez一直在挑起自已和X-Men之间的冲突；破坏M殒石后Fabian逃去，任由Magneto跟X -Men一同堕落。Magneto再一次肯定自已跟X教授的信念不能两存，拒绝X-Men的救援跟Acolytes的其他成员落到地球。
X-Cutioner’s Song
X教援在公开演说中被枪击，凶手竟然是Cable，这令跟X-Force成为X-Men追究的对象。凭着野性的触觉和警探的经验，狼人跟Bishop成功找到Cable，便明白原来暗杀X教授的是拥有跟Cable同一面目的狂人Stryfe。Stryfe绑架了Cyclops跟Jean，声称要向他们报复；当所有人聚集在Stryfe的月面基地时真相终于表明：Stryfe的真正身全是Cyclops送到未来就医的儿子Nathan，在未来后他落入千年老妖的手中，更被训练成邪恶的Stryfe；而Cable便是他的复制人。
Stryfe把自己的不幸归咎于父亲Cyclops，所以他决定要他们偿还。在千年老妖帮助下X教授被救回，而Cable亦冲过种种重围去到Stryfe身处的地方。Stryfe跟Cable二人在月面对决，更消失在时间的洪流中；但Stryfe却已经预备好他的后着。他安排在大气中释放了针对变种人的病毒Legacy Virus，在病毒的影响下Colossus的妹妹Magik失去了生命。
Fatal Attraction
在Magik的葬体上，Magneto再一次出现，他在宇宙中成立变种人自己的国家，希望有变种人跟从。这打动了已经失去一切的Colossus，他愤然背弃了X教授跟从Magneto。Magneto在宇宙中建立了基地Avalon，更利用导弹威胁任何想对抗他们的人。为了阻止美国政府使用核装置X-Men偷偷潜入Avalon，希望改变万磁王的决定；但协商很快便演变成战斗。当X教授眼见Magneto强行将Wolverine体内的金刚石抽出来时，他明白到和平解决已经是不可能，他把Magneto的意识由肉体内抽离，令Magneto成为了植物人。
经历过这些起跌后Cyclops跟Jean决定结成夫妇，在蜜月期间他们的精神被Rachel带到未来世界，在那儿他们就知道有关Nathan的真相：Nathan被送到未来后，为方便治疗Askani复制了他；健康的复制人却被千年老妖带走教育成Stryfe，真正的Nathan一直被收藏。Askani教团的组成人Mother Askani正是Rachel，透过时空她帮助这位不同次元下的弟弟。Cyclops跟Jean的精神在未来世界中生活了十二年，好好地教育Nathan以及帮助他成长，回到现代前两人嘱咐Nathan要成为两个时代之间的管子，也即是连系过去和未来的Cable。回到现代，X-Men便面对机械生命体Phanlax的攻击；Phanlax的攻击提醒了X教授教育年轻变种人的重要性，于是由Banshee跟White Queen主理的Generation X学校便应运而生。
Age of Apocalypse
就当一切都回复平静时，X教授的儿子Legion便在昏迷中苏醒过来，人格分裂的他更合而为一，拥有绝对力量。Legion相信父亲人类跟变种人同处的理想，更认为Magneto的存在是X教授最大的障碍。Legion超越时空回到过去，想在Magneto年轻时先除掉他。Legion干扰历史的行为牵动到维系时空平衡的M’Kraan Crystal，所以X-Men亦紧随Legion去到过去。就在Legion下手时过去的X教授为救Magneto承受了致命一击；这不单令现世的一些关系不再存在，更提早唤醒了沉睡中的千年老妖；千年老妖眼见变种人的斗争比他予期的更早出现，于是他便在60年代开始他的时代Age of Apocalypse。
在AOA的世界中千年老妖是绝对的统治者，而X-Men便是Magneto为纪念故友X教授而组成的反千年老妖组织。因为时空的混乱所有人都不知道本来时空应有的方向，除了本来已经是不属于正常时空的Bishop。在这被改变了的时空很多本来是朋友的变成了敌人，而敌人亦变成了朋友；面对这些事情主教决定要作出改变。在AOA时空的X-Men的帮助下，主教决定重新启动M’Kraan Crystal的力量把时空重回正规。最后主教终于成功，但同时间却有四个AOA时空的人来到了本来的时空。
第一个是AOA千年老妖的手下Holocaust。他登陆Avalon后展开大屠杀，最后Avalon坠到地球、Magneto更不知所踪。第二个是怪物人Sugar Man，他重现于二十年前的珍路刹岛，他的实验开始了Genosha把变种人成为奴隶的历史；第三个是AOA的Beast，他开设了地下基地将变种人改造，更导致Morlocks的诞生。第四位是AOA世界Cyclops跟Jean的儿子Nate Grey，这个正拥有Sinister期望条件，但又不被机械生体病毒影响的他开始了他在新世界的生活。
你知道吗？
在91年的Muir Island Saga后，Marvel为一众X-Books重新重位，当中最受瞩目的便是第二本名为”X-Men”的书刊。这本由Claremont编写、Jim Lee绘画的第一期收到超过9百万本的订单，做成单一期近7百万的收入；X-Men #1的佳积令它成为至今销量最高的单一期数漫画。
同一时间New Mutants一书亦在第100期停刊，人物在新书X-Force中继续他们的故事，由Fabian Nicieza跟Rob Liefeld共同编写，而Liefeld更出任画师一职。X-Factor成员上作出重大更改，而由Havok为中心人物的新故事便由Peter David编写，Larry Stroman绘画。X-Book的声势在当时可谓一时无两。
X-Men的编辑Bob Harras在Stan lee和Uncanny X-Men的画师Whilce Portacio支持下，开始介入Claremont的编剧工作。在不满的情况下Claremont只担任了3期X-Men的故事便离开，结束了他16年的X-Men编剧工作。John Byrne与Nicieza曾经尝试接手Claremont的工作，最后担子落在Scott Lobdell的身上。
10多期后，Jim Lee伙同Liefeld、Silvestri、Portacio等联同数名有名气的新一代画师组成了Image Comics，开始自己的漫画世界。虽然如此，Jim Lee在91年为X-Men所设计的新形象便成为动画、电子游戏、以及人物玩偶等的基本影响至今。
失去多个明星级编剧和画师并没有停下Marvel的脚步，Crossover故事依然在每年夏天展开：X-Cutioner’s Song(92)、Fatal Attractions(93)、Phalanx Covenant(94)、Legion Quest/Age of Apocalypse (1995)、Onslaught(96)，和97年的Operation: Zero Tolerance。因应Trading Card的热潮，92年X-Cutioner’s Song十二本连载的期刊都有独立包装，更附送人物咭；Fatal Attractions作为X-Men30周年作品更在每本连载书刊封面付上当时最为收藏家喜爱的Hologram咭。
在95年的Age of Apocalypse故事连载时，Marvel把固有的一批期刊停刊，把他们的名字改为符合AOA故事内容的新书；四个月后再以独立期刊X-Men Omega把故事结束。在这段日子X-Book的编辑部很努力地投入新尝试，但随着94年漫画工业的泡沫爆破，人才和读者都开始流失；即使Marvel每年都努力地保持着不同的Crossover，但脆弱的剧情和过于轻微的意义令X-Books漫画再一次走向下坡；90年代开始不断出现的个人期刊相继停刊。
在91年的佳积后Marvel成为上市公司，不到一年便收购了Trading Card生产商Fleer，再在93年成为玩具生产商Toybiz的大股东。在94和95年，Marvel收购了贴纸生产商Panini和Trading Card巨人Skybox。
这段时期出版的X-Men书刊除了主要书刊Uncanny X-Men外，还加入了：
New Mutants停刊，一个月后相同人物以X-Force(1991)继续他们的故事
X-Factor在第71期把主角更换为Havok的队伍，同时更改编绘制作群
原X-Factor的主角在回归X-Men后产生了第二本”X-Men”，也即是上文提到那本
X-Men Unlimited(1993)，每期以特写方式描述个别人物
Cable(1993)，第二本以单一角色为主角的期刊
新的期刊Generation X(1994)，描述由Emma Frost和Banshee教导的另一批学生
X-Man(1995)，主角是由AOA世界过渡而来的Nate Grey
最后是以未来世界2099年变种人故事为中心的X-Men 2099(1993)和X-Nation 2099(1996)
| CHAPTER FIVE : 黑暗时期(1995-2005) |
Onslaught事件令变种人的日子过得非常严峻，一次又一次的打击重重地击碎X-Men的重心。但在悲伤和失望的洗礼过后，昔日的害羞少年开始成长成精炼的大人。 |
Onslaught
在世界转变成AOA前，Rogue得知爱人Gambit的部份过去；为此不能释怀的她决定暂时离开X-Men，无意中遇上一名力量和外貌都跟Magneto相似的年轻人Joseph。隐约觉得对方是年轻化的Magneto，Rogue在Joseph的陪同下开始全国的旅行。
X-Men遇到被击败的Juggernaut；Juggernaut指出一个名为Onslaught的灾难即将降临，但Onslaught是一个敌人还是一件事件却没有任何线索。苦苦追查下Jean终于知道Onslaught的真相，原来Onslaught便正正是X教援本人。长年跟Magneto的角力令X教授产生了恶念，而这恶念融合他的力量成为实体Onslaught。Magneto成为植物人时Onslaught更拥有了跟Magneto同等的力量。
X教授的精神力量加上Magneto的磁力，X-Men的力量根本不足以应付；其他超级英雄，包括Avengers、神奇四侠、变形侠医等等都赶到中央公园一同帮忙。神奇先生留意到Onslaught是由变种人的因子而生，所以变种人的力量不但不能对付他，更会令它变得更强大；要成功摧毁Onslaught，就必须要非变种人的人类去成为他的宿主才有机会。Avengers神奇四侠、变形侠医等于是跟Onslaught的能量融合，再由X-Men发出致命的一击。虽然成功解除危机，但在目睹事件的世人眼中，是X-Men牺牲了这些英雄；这令世人对变种人的误解变得更深。
Zero Tolerance
明白到自己力量恐怖的X教授自愿被囚禁在政府的基地，但却无阻变种人憎恨者Bastion的计划。Bastion的真正身份是经过重生之门的未来搜敌龙和Master Mold，成为人类的他利用新的搜敌龙Prime将所有变种人囚禁起来；X-Men成功反抗，而X教授亦明白到自己需要继续坚持他的理想。
Magneto再一次出现，更利用他的力量影响地球的磁场，威逼联合国让他建立一个变种人的国家；而Joseph的真正身份便是他的复制人。亦因为的复制人，也只有Joseph才有能力解除Magneto所做成的伤害；牺牲了Joseph的性命后磁场回到正轨，而联合国亦同意将一片混乱的珍路刹岛交给Magneto统治。珍路刹岛长期都存在人类跟变种人的冲突，一时间即便是Magneto亦未必有足够能力应付，但因为如此地球亦暂时不需要忧虑他所带来的威胁。
The Twelve
了结Magneto的事件并不代表可以闲下来，千年老妖决定将自己的精神转移到理想的肉体Nate Grey身上；Wolverine更被洗脑成为新一代的Death。就在肉体转移的仪式上，Cyclops牺牲自己走到老妖和Nate Grey之间，他的肉体便被千年老妖所占据更消失。X-Men只有一方面寻找Cyclops，一方面继续他们的任务；最后Cable跟Jean找到两人的融合体，但成功地把老妖的精神逼走。
在Onslaught中消失的英雄回归，X教授亦回到X大宅，努力研究Legacy Virus的疫苗。最后梅亚岛的Moira终于研究成功，却被卷入Mystique利用的阴谋中；在死前把相关的资料交给X教授。疫苗成功制成，但它需要先牺牲一位变种人才能散播；为了不再有人像他妹妹般牺牲，Colossus牺牲了自己成为散发疫苗的媒体。
New X-Men
正当X教授决定公开自己身份，大规模地开设变种人学校时，他精神上的双子Cassandra nova出现，更占据了X教授的身体；在她的命令下大量的搜敌龙机械人攻击珍路刹，做成千六万人口的死伤；Magneto更在混乱中失踪。为了找寻预言家Destiny的十二本预言书，暴风女神亦跟一批X-Men去到世界各地。
珍路刹的事件动摇了很多变种人的心态，他们开始质疑Magneto一直奉行的主义是否正确。平息学校内的动乱后，X-Men发现他们由中国带回来的变种人Xorn原来是Magneto。他展开针对普通人类的攻击，更把将整个纽约市变成废城；在他杀死Jean后，Wolverine把他的头斩下来。Magneto对城市做成的破坏激化了人类对变种人的情绪，而Jean的死更令一班X-Men重新考虑自己的使命。在Jean的祝福下，Cyclops跟White Queen决定继续他们教育变种人以及拯救世界的使命，更在行动中救出被当成实验品复活的Colossus。
你知道吗？
95-97年的Marvel充满了灾难。94年的棒球联赛罢工跟Disney票房影响了Fleer和Panini的收入，Toybiz等子公司亦努力保持自已的利润，各种不明朗因素加上Marvel内的权力角力令这间老牌漫画公司走上破产之路。Marvel不断地开设新公司，买卖子公司和权利，经历大小法庭审讯。
这样的窘境一定程度也反映在出版的产品上。大量于上一个时期开始的期刊被停刊，不断改变故事方向希望打开新客源，虽然有真人电影版的帮助，但明显地为取悦电影观众而带来的改动却令很多老读者放弃了。在这10年最影响X-Men漫画的有两个人物：Grant Morrison和Joss Whedon。Morrison在2001把已出现疲态的X-Men一书重新包装成New X-Men，凭着他笔下的世界观和触觉令X-Men一书重回第一位；而以电视剧闻名的Whedon则在04年以Astonishing X-Men一书带来另一个高潮，虽然脱期的情况极为严重。但无论如何，在这两位的笔下，X-Men一书总算得到重生。
这段时期出版的X-Men书刊有：
描述驻扎英国(后来改为梅亚岛)变种人队伍的Excalibur一书在1998年结束。同名书刊于04重新出版，内容是纽约市一役后X教授跟Magneto如何重建珍路刹
X-Men一书在2001-2004年期更名为”New X-Men”
Deadpool的个人月刊正式出版(1997)，在2002年换主角改名为Agent X
描述Havok跟平衡世界自已交换的故事Mutant X(1998-2001)也在这时间出现，在他回归后不久X-Factor便正式完结
为补完70-75年的空白，John Byrne在(1999-2001)年出版了X-Men: The Hidden Years 一书
上文提到一批追查Destiny日记的X-Men离开了X大宅，他们的故事便在X-Treme X-Men(2001-2004)一书中纪录
Exiles(2001-2008)一书其实并不完全是变种人为主，它讲述几个来自不同平衡世界的超能力者来回不同世界的故事；但当中主要成员或多或都跟X-Men有关
X-Man一书在01年停刊，而Cable的个人刊物亦在02年改名为Soldier X，但主角依然是Cable
由第115期(2001)开始，X-Force一书的主角已改变为另一队有政府背景的队伍直到第129期停止。新队伍组成X-Statix(2002-2004)
以制造Wolverine的秘密计划组织为中心书刊Weapon X(2002-2004)出版，但有大量故事中埋伏的故事在系列结束后还没有跟进
新一代的New Mutants(2003)出版；在04年改名为New X-Men: Academy X
描述变种人社区的District X(2004-2005)
脱离Morrison时代的形象，Whedon的Astonishing X-Men(2004)以优质的故事加上独特的画风重新为X-Men的超级英雄队伍建立形象
| CHAPTER SIX : 独立时期(2005-2011) |
本来只是针对个人命运的控诉，但最后承受的是变种人。House of M一役令变种人的数目锐减，加速了针对变种人的攻击。在种种不利因素包围下，X-Men终于成立自己的国家Utopia。 |
House of M
在学生的反对下X教授执意到带Magneto的尸体回珍路刹埋葬，抵步后更表示自已会着手协助珍路刹的重建。X-Men离去后Magneto出现，两人更感叹Xorn不惜假扮成Magneto来传扬他的极端民族主义。
Magneto的女儿Scarlet Witch是个拥有能改变现实能力的变种人，失去儿子跟丈夫的精神创伤令她无意中引发了Avengers Disassembled事件；就在Avenegers要决定Scarlet Witch的惩处前，Magneto现身把女儿接走，希望X教授可以帮忙治疗Scarlet Witch；但任凭X教授怎样努力还是没有成果。
X教授向Avengers公布他的失败，Avengers跟X-Men都去到珍路刹决定她的最后命运。Scarlet Witch的哥哥Quicksilver深信这些队友要杀死妹妹，引导Scarlet Witch改变现实，制做出Magneto理想中的House of M世界。在什么都知道的小妹妹Kayla Miller的异能下大家都明白这是个假象，英雄们再一次聚集在Magneto的家中。发现自己被儿子愚弄的Magneto攻击Quicksilver，这情景令Scarlet Witch诅咒自已变种人的身份，她利用自己的力量把世界回复正常，但一众变种人都失去他们的超能力；变种人的数量一下子由数千万变得只剩下198人。
Deadly Genesis & Second Coming
变种人一时间变成少数民族，但这不代表他们承受的压力有减轻。就在这个时候X-Men发现原来X教授一直隐瞒着另一队X-Men曾经存在过的事实，而这批战死在Kraoka的X-Men中更包括Cyclops的三弟Vulcan；为免令他伤心X教授更改动了Cyclops的记忆。Vulcan在队友的牺牲下保住了性命，但他决心要向所有曾辜负他的人报复，第一目标便是他出生的Shiar星。Vulcan夺取了Shiar星的最高权力，更杀死了父亲Corsair；为跟三弟制衡Havok决定继承父亲的名号，留在外太空与Corsair的队伍StarJammers跟Vulacn角力。
Scarlet Witch改变世界的日子被称为M-Day，而自M-Day后第一位出生的变种人便成为各方争夺的焦点。就在Cyclops为X-Men的行动计划时，X教授还以老师的身份训斥他。Vulcan事件加上不满做成Cyclops跟X教授之间的大缺口，最后Cyclops勒令X教授离开X大宅。
Utopia
离开X大宅的教授跟Cable合作，在数个争夺的团体中终于把婴孩救到手。女婴的存在触动了Bishop童年痛苦的回忆，他深信这名女婴便是导致他童年变种人受压逼的根源；Cable成功把女婴带到未来世界，而X教授亦被Bishop所伤。Magneto救走X教授，在治疗后X教授开始四出修补他之前破坏了的关系以及没了结的问题。
经过外星Skrull族的Secret Invasion后，国安大权落入Norman Osborn手上。Norman Osborn雇用罪犯假扮成英雄，同时追捕真正的英雄队伍，展开了黑暗时代Dark Reign。为牵制各方面的势力，Norman邀请Emma Frost当他的智囊团，希望借此牵制跟其他英雄较疏离的X-Men；Cyclops利用这机会获得充足的资源，为变种人建立了自已的国家Utopia 。就在Norman可以做进一步行动前，他已经在SIEGE事件中被赶下台。
Schism
Cable跟女婴在未来世界一直被Bishop追杀，而女婴Hope亦在这十多年间跟Cable培养出父女的感情。最后两人在遥远的未来摆脱了Bishop，当回到现代时他们马上要面对来自Bastion的追杀。最后Hope成功跟X-Men在Utopia会合，可是Cable却为维持时光隧道牺牲了自已。第一次离开父亲令Hope感到不安，Rogue便成为她重要的学习对象。
新的Hellfire Club出现，而世界各地的搜敌龙机械人亦再一次被启动。在是否应该让少年人上战场的议题下，Cyclops跟Wolverine开始了分歧。两人一面应付搜敌龙的攻击，一方面把二人多年间的积怨发泄出来。最后Wolverine决定离开Utopia，跟一批赞同他意见的变种人回到X大宅的遗址重新再开始；新学校以Jean Grey的名字命名。
你知道吗？
挨过上世纪的困境后，Marvel在09年终于正式被传媒巨人Disney收购，电影方面的成积相信大家都有目共睹。
X-Men漫画方面，最大改变是跟其他Marvel漫画的融合；一直以来变种人队伍虽然间中会跟Avengers等合作对抗敌人，但甚少真正地参与在故事的发展或发挥其影响性。即使是影响着其他英雄的Civil War，X-Men也是抱着旁观者角色并未有太大参与。虽然这种疏离感在Utopia建立后又再次回复，但变种人跟其他超级英雄之间的关系已变得更紧密。
这段时期出版的X-Men书刊有：
Soldier X和Agent X完结后，以两位原主角命名的Cable & Deadpool(2004)正式出版；系列于08年完结，两位主角再次出版个人名义期刊
New X-Men: Academy X改名为New X-Men，而New X-Men则在08年Messiah Complex后改名为X-Men Legacy
X Factor重新出版，主要角色为前Havok队成员Multiple Man和他所成立的X-Factor Investigation侦探社
描述珍路刹的Excalibur于05年结束，同年再推出以原Excalibur成员的书刊(2005-2007)
House of M后，新书Wolverine: Origins(2006-2010)便用来讲述Wolverine的过去，同人物另一半的书刊Wolverine:Weapon X(2009-2010)则集中在较重口味的画面和情节；本来的Wolverine一书则在同期改为描写他的儿子Daken，书名亦改为Dark Wolverine。复制人X-23的个人系列也在10年开始
X-Force(2008-2010)在Cyclops的手下再一次重组，但这次他们的身份却是专门负责黑工；解散后Wolverine隐瞒Cyclops组成Uncanny X-Force(2010)继续行动
因为Magik的回归，New Mutants在09年再一次重组，成员便是当年那群初代New Mutants
Second Coming后，Hope四出寻找其他新得到异变能力的青少年，她的故事纪录在Generation Hope(2011-2012)一书内
| CHAPTER SEVEN : 分裂期(2011-现在) |
领导人物的分开令Utopia失去完整。而因着Phoenix Force而引因的Avengers VS X-Men事件更进一步把他们分散；怀着不同的理念，Wolverine跟Cyclops用自己的方式去带领变种人面对世界 |
X-Sancition
被困于未来的Cable知道Hope即将因为Avengers的关系要面对伤害，不顾体内机械生体病毒的影响回到现代，对Avengers成员作出狙击；Cyclops跟Hope制止Cable的疯狂行为，Hope更利用她的力量把Cable体内的机械生体病毒消灭。意识到女儿是Phoenix力量的理想人选，Cable希望父亲Cyclops可以在他休养期间守护Hope。
在宇宙警察Nova的提示下，Avengers知道凤凰力量即将再一次来到地球。意识到凤凰力量会以Hope作为宿主，Avengers联同Wolverine到Utopia希望Cyclops交出她。Cyclops拒绝Avengers的要求，更指出Hope是变种人的希望；双方发生战斗，不希望成为战斗原因的Hope偷偷离开了Utopia。
Wolverine坚持要杀死Hope，对她作出追踪但败在她的力量之下；Hope提出要到月球，Wolverine便通知Avengers在月球会合。Avengers跟X-Men在月面再一次展开战斗，但却被Phoenix Force的来临打断。集合各Avengers科学家的知识，Iron Man试图以能量炮对付Phoenix Force；Phoenix Force在能量炮的攻击下一分为五，分别附身在Cyclops、Emma Frost、Namor、Colossus和Magik身上。
Phoenix Five
在Phoenix力量的影响下五人被称为Phoenix Five，短短十日内便利用他们的力量解决了地球的能源和粮食问题，同时间更解除了世界各国的军备；虽然他们做的都是好事，但美国政府却认为任由五人的力量不被限制会带来危机。Avengers断定Hope有能力控制Phoenix，潜入Utopia希望带走Hope。Avengers跟Phoenix Five展开冲突，虽然Avengers的力量未能匹敌，但也给了时间Scarlet Witch带走Hope。在战斗中，Cyclops留意到Magik跟Namor都开始被Phoenix的力量影响心理。
Hope被带到Iron Fist的修业地异空间K’un L’un预备接收Phoenix Force，同时Namor带同亚特兰族攻击Avengers的基地Wakanda，做成大量死伤。当Phoenix Five其余四人到达时，Phoenix Force离开Namor分配到四人身上；X教授警告Cyclops住手，否则他会利用自己的力量对付他。Avengers撤退到K’un L’un。
Avengers VS X-Men
日子过去，更多的Avengers成员被Phoenix Four所擒；在Storm提供的情报下，Avengers跟X教授去到囚禁被虏Avengers的西伯利亚火山，更成功导致看守囚犯的Colossus和妹妹Magik内讧。战斗后两人的Phoenix Force分别落到Cyclops跟Emma身上。在增幅了的力量下，Cyclops轻易找到Hope，但却被修行完成的Hope轰到月球。
战事已发展至由Cyclops跟Emma面对由Avengers跟X-Men组成的联合部队。明白到单靠自已的能力旧不足够，Cyclops攻击Emma更夺取了她那部份的Phoenix Force。得到完整Phoenix Force力量的Cyclops变成身Dark Phoenix，更杀死了X教授。结合Scarlet Witch的力量，Hope成功引导Phoenix Force离开Cyclops；在Scarlet Witch的引导下，两人合力令Phoenix Force离开，同时间重燃当日M-Day中失去力量的各变种人的异变因子。事件过后Cyclops被拘捕，美国队长醒觉到变种人的困境一直都被无视，决定重新组织Avengers，更广邀变种人加入。
落为阶下囚的Cyclops为变种人数量再一次增加而欣喜，但Wolverine却为X教授一事不能原谅他。在监狱中Cyclops发现一名变种人少年被杀，事件令他重新意识到对变种人的压迫未有减小；会合Magneto等人后Cyclops在前Weapon X的基地成立另一队X-Men ，决定以他们的方法去守护变种人。
All-New X-Men
摰友的改变对初代X-Men Beast做成不少的打击，一时迷茫令身为科学家的他决定把少年时的自已带来现代；五位少年初代X -Men来到现代，他们对自己成长后的发展都感到惊讶，当中尤以少女Jean Grey为什。少年初代尝试协助Beast对Cyclops作出劝导但不成功，而少年Cyclops更在战斗中受伤；意识到五位少年的存在会引起时空混乱，X-Men商讨是否应该把五位少年送回过去。
一群来自未来的X-Men出现在学校，指五位少年继续存在于现代会带来重大后果。不甘于回到悲剧命运的少女Jean跟少年Cyclops逃走，跟现代的Cyclops接触。现代Cyclops决定对二人加以保护，于是跟前来追击的X-Men和未来X-Men战斗。未来X-Men的成员之一Xorn跟少女Jean战斗，表露自已便是”决意留在未来因而在灾难中成长”的少女Jean；在揭露部份自已所经历的灾难后，少女Jean同意回到他们本来的时间。
Battle of the Atom
Magik对这批所谓未来X-Men的动机存疑，她去到未来却发现另一队的未来X-Men；在真正未来X-Men的口中，她知道出现于现代的其实是未来的兄弟帮。真正的未来X-Men决定跟Magik回到现代对付兄弟帮。
未来兄弟帮跟X-Men尝试把初代X-Men送回过去，但未明原因下未能成事。未来X-Men来到现代，几队人马展开追踪；兄弟帮逃到X-Men第一次跟Magneto决战的Cape Citadel。Xorn启动了军方秘密制造的搜敌龙，六方人马(未来X-Men，未来兄弟帮，现代Cyclops的X-Men，Wolverine的X-Men，初代少年五人，以及搜敌龙机械人)展开大混战；最后Xorn未能控制力量而爆炸，兄弟帮的Raze亦逃去无踪；未来X-Men回到他们的时代。Shadowcat不满Wolverine等人强逼初代少年回到过去的做法，带同五人加入Cyclops一方的X-Men。